复合肥的工艺流程可分为：原料配料、原料搅拌、原料造粒、颗粒烘干、颗粒冷却、颗粒分级、成品包膜、成品包装。
1、原料配料：
尿素、硝铵、氯化铵、硫铵、磷铵(磷酸一铵、磷酸二铵、重钙、普钙)、氯化钾(硫酸钾)等原料按比例配备(根据市场需求和各地土壤检测结果)。
2、原料搅拌：
将配好的原料搅拌均匀提高肥料颗粒整体的均匀肥效含量。
3、原料造粒：
将搅拌均匀的原料送入造粒机造粒(可用转股造粒，也可选用挤压造粒).。
4、颗粒烘干：
将造粒机造好的颗粒送入烘干机，将颗粒内含的水分烘干，增加颗粒强度，便于保存。
5、颗粒冷却：
烘干后的肥料颗粒温度过高，易结块，经过冷却后的，便于装袋保存，和运输。
6、颗粒分级：
将冷却过后的颗粒分级，不合格的颗粒经粉碎重新造粒，把合格的产品筛分出来。
7、成品薄膜：
将合格的产品进行涂衣包膜增加颗粒的亮度与圆润度。
8、成品包装：
将处理过的颗粒也就是成品装袋放在通风处保存。
复合肥设备特点：
1、原料适用性及其广泛： 适用于发酵后的畜禽粪便、糖厂滤泥、城市污泥、造纸污泥、酒糟、秸秆、草炭等含水分30%左右的粗纤维有机废弃物的直接造粒，可生产圆球型颗粒的纯有机肥、有机无机肥、生物有机肥。
2、成球率和生物菌成活率高 ： 新工艺可使成球率达到90-95%以上，低温大风量烘干新技术可使微生物菌成活率达到90%以上。
3、工艺流程短，运行成本低该工艺所用有机原料不需烘干、粉碎等前期处理，工艺流程短，运行费用低(若采用圆盘或转鼓等传统造粒工艺，需对发酵后水分含量30%左右的有机原料烘干至13%以下、粉碎至80目以上，且有机物料的加入量不能大于30%)。